В ходе острого противоборства с протестантизмом внутри католицизма произошло частичное обновление, которое позволило приостановить распространение нового вероучения. Этот процесс внутреннего обновления получил название католическая реформация, или «контрреформация».
Главным оплотом католической веры являлась Испания, где в ходе Реконкисты она превратилась в национальную религию, способствовавшую единению страны в борьбе с мусульманами. Основным орудием укрепления традиционной веры в Испании стал особый церковный суд - инквизиция, учреждённый в этой стране ещё в 1480 г. Мрачную память о себе оставил Великий инквизитор Торквемада, отправивший на костёр почти две тысячи последователей Христа, обвинённых в отступничестве от веры. Казни еретиков превратились в торжественные зрелища, проводившиеся при большом стечении народа. Они получили название аутодафе — буквально «акт веры». В период Реформации инквизиция резко активизировалась. В 1570 г. в Испании были сожжены последние протестанты.
С избранием папы Павла III (1534-1549 гг.) католическая реформация приобрела последовательный характер и общеевропейский размах. Им была издана булла о реорганизации инквизиции, которая превращалась в общий для всего католического мира институт, призванный бороться с ересью по всей Европе. Вслед за тем была введена предварительная цензура всей издававшейся литературы. Позднее появился Индекс запрещённых книг, в который были включены многие выдающиеся произведения эпохи Возрождения и Реформации.