Все бактериальные иРНК довольно быстро разрушаются и синтезируются. Время их полураспада не превышает 3 минут. Это обеспечивает быстрое приспособление микроорганизмов к меняющимся условиям окружающей среды. иРНК эукариотических клеток более стабильны. Стабильность иРНК определяется особенностями структуры самих РНК. Молекулы иРНК модифицируют свои 3’ концы присоединением полиаденилового фрагмента. По мере участия иРНК в процессах трансляции, длина этого фрагмента уменьшается. Критическим для стабильности считается 30 адениловых нуклеотидов. В частности сигналами для быстрого разрушения молекул могут служить последовательности богатые У и А на 3’ концах этих РНК, которые являются сигналами для более быстрого удаления полиадениловых участков РНК. Стабильность РНК может усиливаться некоторыми гормонами стероидной природы, которые не только стимулируют образование новых молекул РНК, но и стабилизируют функционирующие. В ряде случаев стабильность РНК определяется скоростью трансляции и потребностью белков.