Организация отпора гитлеровскому вторжению прежде всего требовала формирования органов военного руководства. 23 июня Постановлением СНК СССР была учреждена Ставка главного командования, вскоре преобразованная в Ставку Верховного главнокомандования. Первоначально в её состав входили Сталин, Молотов и несколько представителей высшего командования. 8 августа Сталин был назначен Верховным главнокомандующим Вооружёнными силами. Ставка осуществляла стратегическое планирование, принимала оперативно-стратегические решения, намечала мероприятия по подготовке и проведению военных кампаний. В своей деятельности Ставка опиралась на Генеральный штаб РККА, который разрабатывал планы военных кампаний
и операций. Начальниками Генштаба были Г. К. Жуков (до июля 1941), В. М. Шапошников (с июля 1941), А. М. Василевский (с мая 1942), А. И. Антонов (с февраля 1945).
Уже 24 июня был создан Совет по эвакуации, 30 июня — Государственный комитет обороны (ГКО). Работа ГКО не регламентировалась никакими документами, а компетенция была настолько широка, что его постановления приравнивались к законам военного времени, их обязаны были выполнять все партийные и государственные органы власти, все учреждения, организации и предприятия. Первоначальный состав ГКО: И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов (зам. председателя), К. Е. Ворошилов, Л. П. Берия, Г. М. Маленков. Позже состав ГКО был расширен.
Так возникла по существу коллегиальная система руководства военными действиями и жизнью всего общества, ответственная и за победы, и за поражения. Но, поскольку все нити руководства в конечном счёте сосредоточились в руках Сталина, за которым оставалось последнее слово при принятии решений, он и стал в глазах многих людей военного времени и послевоенных поколений символом Победы.