Пётр I видел глухое, а порою и явное, недовольство духовенства теми преобразованиями, которые были начаты для модернизации России, ибо они разрушали старый московский строй и обычаи, которым те были так привержены. Пётр, занимавшийся созданием абсолютистского государства по западноевропейскому образцу, не допускал самостоятельности Церкви и не любил духовенство, в массе которого находил наибольшее число противников того, что ему было самому более всего близко.
Ещё при жизни Патриарха Адриана Пётр, совсем молодой человек, ведший довольно далёкую от церковных интересов жизнь, высказывал главе русского духовенства свои пожелания относительно приведения в порядок духовного чина. Однако патриарх чуждался новшеств, проникавших в строй государственной и общественной жизни России. С течением времени недовольство Петра русским духовенством усиливалось, так что он даже привык большую часть своих неудач и затруднений во внутренних делах приписывать тайному, но упорному противодействию духовенства. Когда в представлении Петра всё противодействовавшее и враждебное его реформам и замыслам воплотилось в лице духовенства, он решил обезвредить это противодействие, на это были направлены все его реформы, относящиеся к устройству Российской Церкви. Путешествия Петра по протестантским странам Европы ещё более усилили его взгляды на отношение государства и церкви. С изрядным вниманием Пётр слушал советы Вильгельма Оранского в 1698, во время своих неофициальных встреч, устроить Церковь в России на манер англиканской, объявив себя её Главою.
В 1707 был лишён кафедры и сослан в Кирилло-Белозерский монастырь митрополит Нижегородский Исаия, резко протестовавший против действий Монастырского приказа в своей епархии. Чрезвычайно болезненным для некоторых из высшего духовенства было дело Цесаревича Алексия, с которым многие духовные лица связывали надежды на восстановление былых обычаев. Стремление московского духовенства сохранить юрисдикционный иммунитет Пётр демагогически квалифицировал как «папежский дух». Примечательно, что всё время подготовки реформирования церковного управления Пётр пребывал в интенсивных сношениях с восточными патриархами — прежде всего Иерусалимским Патриархом Досифеем — по различным вопросам как духовного, так и политического характера.