В 1906 г. 44-летний Столыпин принимает портфель министра внутренних дел, а с 8 июля 1906 г. он совмещает этот пост с должностью председателя Совета Министров, сменив апатичного премьер-министра И.Л. Горемыкина, которого даже в бюрократических кругах именовали "ваше безразличие".
Назначение Столыпина на столь высокую должность не прошло незамеченным. Даже самые непримиримые оппоненты были вынуждены признать, что на этот раз российское правительство возглавил одаренный, сильный, незаурядный человек. Злые языки, правда, его стремительную, блистательную карьеру объясняли протекцией со стороны родственников жены, близких ко двору. Столыпин был женат на О.Б. Нейгардт - бывшей невесте своего брата, убитого на дуэли. По свидетельству современников, несмотря на сложный характер Ольги Борисовны, Петр Аркадьевич был счастлив в браке, имел пять дочерей и одного сына.
В основу своей государственной деятельности П.А. Столыпин положил принцип, высказанный еще основателем государственной школы Б.Н. Чичериным: "Либеральные реформы и сильная власть". Официально было объявлено о следующем курсе преобразований: свобода вероисповеданий, неприкосновенность личности и гражданское равноправие в смысле "устранения ограничений и стеснений отдельных групп населения", преобразование местных судов, реформа средней и высшей школы, полицейская реформа, преобразование земства, подоходный налог, "меры исключительной охраны государственного порядка".