Кровеносные системы: у пресмыкающихся - неполная перегородка в желудочке 3-ёх камерного сердца, кровь частично смешивается, хладнокровность. У млекопитающих - 4-ёх камерное сердце, теплокровность.
Дыхательные системы: у пресмыкающихся слаборазвитые ячеистые лёгочные мешки. У млекопитающих - альвеолярные лёгкие с большей поверхностью, обеспечивают совершенный газообмен. В гортани у млекопитающих - голосовые связки.
Нервная система: различны размеры головного мозга, наличие у млекопитающих полушарий с корой и борозд. Недоразвитие у пресмыкающихся отделов головного мозга. Различия в рефлексах и инстинктах. У млекопитающих периферическая нервная система представлена 12 парами черепно-мозговых нервов.
Пищеварительные системы: у пресмыкающихся - пищеварительная трубка короче, наличие клоаки. У млекопитающих пищеварительная система более дифференцирована. Рот окружён мясистыми губами. Дифференцированные зубы помогают измельчать пищу.
Строение перечисленных систем у млекопитающих в сравнении с рептилиями свидетельствует об их прогрессивном развитии, дальнейшей дифференцировке в ряду позвоночных и огромных приспособительных возможностях.